新生儿肾母细胞瘤的具体病因目前还不明确，现在一般认为是和遗传因素，基因突变，染色体异常等等因素有关系。新生儿肾母细胞瘤具有遗传性，但是遗传性所占的比例并不是很高，大约只有1%~2%的患儿有家族史。基因突变和染色体方面为主要因素，11号染色体上面的WT1，WT2缺失和突变是最常见的原因，另外和P53基因也有很大关系的。