新生儿低血糖的危害要看严重程度，轻度的仅仅有短期的意识改变，比如嗜睡、昏迷、反应差等。
疾病的严重程度也取决于低血糖的持续时间、发生的频率，严重的可以发展为低血糖脑病，低血糖脑病早期可以表现为尖叫、喂养困难、惊厥、呼吸困难、肌张力减低等症状，远期临床症状跟体征很难恢复，往往留有神经系统的后遗症，会有学习障碍，不同程度的智力减退、脑瘫，后期要注意密切随访。
大部分新生儿低血糖很快能够纠正，不会留有后遗症，临床上血糖低于2.6mmol/L就需要及时进行处理。