骨样骨瘤的病因至今尚未明确，可能与血管异常有关，本病好发于儿童和青少年男性，尚未发现可以诱发本病的因素。
发病原因长期存在争论，早期文献中认为本病是一种慢性炎症病变，称之为骨皮质脓肿、硬化性非化脓性骨髓炎、纤维性骨髓炎或骨样组织骨炎等，也有学者认为是先天性胚胎组织残留。1935年，Jaffa认为此病是一种特殊类型的独立的良性骨肿瘤。近年有学者通过血管造影，发现骨样骨瘤的核心有血管发育异常，故认为其发生与血管异常有关。