对于唇腭裂的原因来讲，引起发育和综合障碍的确切原因或发病机理现在尚未完全明了。大概通过实验和流行病学的观察以及调查结果，可分为多种因素影响的，而非单一因素所致。一般包括遗传因素和环境因素两个方面，并与营养、遗传、环境、内分泌等因素有关。
遗传原因，唇腭裂的患者发现其旁系亲属以及直系亲属中也有类似的畸形发生，所以证明唇腭裂的畸形可能与遗传有一定的关系。
环境因素影响指的是胚胎发育时期，母体在整个过程中构成了胚胎发育的环境条件。因此在妊娠期前三个月，当母体受到生理状态的侵袭或者干扰时，就可能发生或者影响胚胎颌面部的发育畸形。
如果在母体三个月之内出现了营养缺乏，或者母体受到感染损伤，或者内分泌影响，或母体在怀孕的前期有各种精神性的创伤，以及在母体怀孕时有吃过药物，比如抗肿瘤的药物或抗惊厥的药物等，这些药物都会引起唇腭裂的发生。
母体怀孕时，孕妇接触过放射线或者微波等，都可能影响胎儿的发育。有研究表明，妊娠早期大量吸烟、酗酒，与其子女的唇腭裂的发生率比无饮酒嗜好的妇女要高得多，因而也可以说吸烟、饮酒也可能是导致唇腭裂发生的原因之一。