肠结核与克罗恩病的鉴别主要从以下几方面进行。第一是临床表现上，克罗恩病常常有肠外表现，比如口腔溃疡、虹膜睫状体炎、关节的红热肿痛、强直性脊柱炎等。而肠结核则比较少见上述肠外表现。第二是病史上。肠结核患者通常有其他部位的结核病史，比如肺结核。第三是实验室检查，肠结核患者结核菌素实验经常呈阳性。第四是肠镜检查可能呈现阶段性分布。溃疡周围黏膜正常，或者是呈鹅卵石样，肠腔狭窄，炎性息肉，病变肠段间粘膜外观正常，而肠结核则为病变肠段黏膜充血、水肿，溃疡形成，大小各异的炎症息肉，肠腔狭窄。第五是病理方面，克罗恩病病理活检提示，非干酪坏死性肉芽肿或大量淋巴细胞聚集，而肠结核病理提示干酪样坏死性肉芽肿或结核菌。第六是试验性治疗。如果上述方法不能够明确，可以进行试验性的抗结核治疗。