大多数的卵圆孔未闭的患者没有很明确的症状，但有一部分患者可能出现顽固性的偏头疼，或者是反常栓塞症状。原因是当卵圆孔未闭时，可能有血液从右心系统经未闭的卵圆孔到达左心系统，而右心系统血液5-羟色胺，缓激肽等成分较多，直接进入左心系统经血液循环到达脑内，引起严重的偏头疼的症状。另外在屏气等情况时有一些右心系统的栓塞，比如静脉血栓可以通过未闭的卵圆孔到达左心系统，栓塞至脑部，可引起反常栓塞的症状。