扁桃体发炎的病因多因乙型溶血性链球菌感染有关，少数的病人因葡萄球菌、肺炎球菌、流感嗜血杆菌引起，此外还有腺病毒、鼻病毒或者单纯性疱疹引起，细菌和病毒混合感染者也不少见。近年来发现有一些厌氧菌感染者，革兰氏阴性杆菌感染也有上升的趋势。这个病通常呈散发性，偶尔会集体发病，某些病原体会滞留在病人的扁桃体隐窝内，隐藏在病人的机体里，当身体抵抗力下降的时候，会导致生病。