扁桃体结石主要是由于急慢性扁桃体的炎症反复发生导致的，隐窝口上皮的过度角化所形成的沙粒状的附着于扁桃体的表面。扁桃体结石一般不进行清理，因为扁桃体的结石附着的表面粘连非常紧密，而且相对很小，清理过后会造成的扁桃体表面黏膜的破损，会形成黏膜的疤痕，堵塞扁桃体隐窝分泌物的排泄。所以临床上不进行清理，可以用漱口水漱口。如果已明显引起咽喉部的不适，或者是其它的症状，可以进行双侧扁桃体的摘除，扁桃体的结石同时去除。所以临床上不进行的扁桃体结石的清除。