病毒性脑炎的恢复期与病毒引起的炎症反应导致的脑细胞损伤有很大的关系。损伤比较轻微的，也就是急性期的时候，只是发热、头痛、头晕，这一类的病人恢复一般比较好。
急性期过后，可能1-2个月，病人就没什么问题。但是如果炎症反应很厉害，大脑的损伤很严重，急性期的时候，持续的高热、意识障碍、抽搐、瘫痪、感觉障碍、惊厥等等。
这一类的病人预后就比较差，恢复的时间可能也比较长。有的昏迷的病人可能很久都不能恢复，遗留的肢体、运动、感觉的障碍可能也会比较长时间难以恢复。
还有部分病人可能会有痴呆、智力低下等等的并发症，也很有可能很长时间都恢复不了，甚至永远恢复不了。