围经期卵巢滤泡囊肿是由闭锁卵泡所形成，正常生育年龄的女性卵巢在性激素的周期性作用下，每个月一侧卵巢会排出一个卵子，卵子在体内可以存活48小时，保持受孕能力，两侧卵巢在月经期初期会有多个卵泡同时发育，就像彼此竞争一样，长得最大的一个会成为优势卵泡，以后继续发育长大，而其他卵泡则停止发育、逐渐萎缩。
到了排卵期，优势卵泡变为成熟卵泡，一般能长到直径18-25mm，在激素或性刺激下卵泡破裂，卵子随卵泡液一起排入腹腔，卵子在输卵管的拾卵作用下进入输卵管准备受精，卵泡液则随重力作用积存在子宫后方。如果卵泡受到某种因素影响，没有排卵而继续长大，则成为卵巢滤泡囊肿。一般这种囊肿是生理性因素所导致，大多都可以在两个月经周期内消失，不必刻意治疗。