尿路感染的反复发作通常分为急性发作期的治疗以及发作间期的预防，急性发作期的治疗包括非复杂性膀胱炎，通常使用短程治疗，常用的抗生素有左氧氟沙星、磷霉素、第三代头孢菌素等等，通常建议使用3-5日以上的疗程，可以降低尿路感染的再发率。对于绝经期以后的女性，急性非复杂性膀胱炎反复发作也可以考虑使用雌激素替代疗法，应该在妇科医生的指导下应用。急性非复杂性肾盂肾炎首选静脉应用抗生素，常用的有第三代头孢菌素、氟喹诺酮类、氨基糖苷类药物等等，待体温、其他症状都减轻以后，改为口服药物治疗2-4周。
发作间期的预防包括多饮水、碱化尿液、注意性生活的卫生等，性行为以后及时排尿，排解大便以后由前向后擦拭、清洁肛门，注意内裤的卫生清洁，并合理休息。在饮食上注意少饮酒，少吃辛辣、刺激性食物，可以通过服用蔓越莓制品、免疫增强剂、辅助药物减少感染的复发。另外，低剂量、长疗程抗菌药物的治疗或者是性生活后单次服用抗生素都可以作为尿路感染反复发作的预防措施，但具体使用应该在医生指导下进行。