肛窦炎又称为肛隐窝炎，是指肛门齿线部位的肛隐窝炎症性病变。肛窦炎常引起肛周脓肿等肛门感染性疾病。
肛窦炎早期或炎症症状较轻时多可采用药物治疗或坐浴，药物一般选用马应龙痔疮膏。如果伴有皮肤瘙痒等症状，可以给予派瑞松等药物治疗。如果患者症状比较厉害，可以给予1∶5000高锰酸钾坐浴，每次坐浴5-15分钟，每天坐浴3-4次，并保持会阴部清洁。
肛窦炎经药物治疗无效或肛窦内已经形成脓肿，或伴有肛乳头肥大或隐性瘘管的患者，应采用手术治疗，治疗方法有肛窦切开术或肛窦切除术。