病毒性结膜炎是由于外界环境中的腺病毒等病原体感染眼部结膜组织所造成，治疗上需要使用抗病毒的滴眼液来消除病毒感染，而快速治愈，目前常用的抗病毒滴眼液有更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液、重组人干扰素α2b滴眼液等。
对于结膜炎逐渐向角膜蔓延的情况，还可以考虑静脉输液或者是口服抗病毒药物治疗，例如利巴韦林片等，为了加速病毒性结膜炎造成的眼睛充血、发红等症状缓解，可以使用非甾体类抗炎药滴眼液，例如常用的有普拉洛芬滴眼液、吲哚美辛滴眼液、双氯芬酸钠滴眼液等。同时在治疗过程中一定要注意保持眼部卫生，避免用手揉眼，以免导致感染加重。