在临床上，与原发性肝癌有关的抗原是甲胎蛋白，也就是AFP。甲胎蛋白在患者胎儿期的时候就存在，在出生三个月之后，一般就会逐渐恢复到正常值。如果患者是肝细胞性的肝癌，在检测甲胎蛋白的时候会出现升高，指标越高则说明患者患肝癌的概率就越大，通常是AFP＞400μg/L。如果患者AFP＞200μg/L，通常提示有可能是肝癌。
在临床上，并不是所有肝癌患者的甲胎蛋白都升高，有一些患者甲胎蛋白正常，还需要结合腹部CT或者其它的一些检测来共同判断。