肝囊肿的主要治疗方案有以下两种：第一种是超声引导下肝囊肿穿刺抽液及囊内液体注射，主要是向囊内注射无水酒精等。利用它的腐蚀性，将囊皮细胞破坏，使它无法再正常分泌囊液。第二种就是开放或者腹腔镜下肝囊肿开窗引流术，主要治疗方案是将囊壁予以部分切除，剩下无法切除的部分囊壁予以电力灼烧或者其他液体进行破坏，这样囊腔就向腹腔内开放，无法再次形成囊肿。肝囊肿开窗引流术的治疗相对比较彻底，目前并没有太好的药物可以口服治疗肝囊肿。