阿昔洛韦凝胶是以阿昔洛韦为主要成分的凝胶剂，主要用来治疗疱疹病毒引起的感染，比如单纯疱疹、带状疱疹等。扁平疣是由人类乳头瘤病毒感染皮肤黏膜引起的良性赘生物，目前没有研究能够证明，阿昔洛韦对人类乳头瘤病毒有效，所以不能用阿昔洛韦凝胶治疗扁平疣。
扁平疣治疗的方式多种多样，可以采用物理治疗，如液氮冷冻、二氧化碳激光、电离子灼烧等，也可以采用局部外涂药膏的方式，如维A酸软膏、咪喹莫特乳膏、酞丁安软膏、氟尿嘧啶软膏等。如果扁平疣皮损反复发作，可以采用干扰素的治疗，可以局部皮损封闭，也可以肌肉注射全身治疗。