脑膜炎治疗不彻底会出现相关的后遗症，像结核性脑膜炎，治疗得越晚，病死率越高，年龄越小脑膜炎并发症进展越快，越严重，病死率也是越高的，剂量不足、方法治疗不当，都可以使病情迁延，容易出现并发症。化脓性脑膜炎常容易并发硬膜下积液、脑室管膜炎、脑积水，死亡率同病原菌的种类、患儿的年龄以及脑积液中的细菌量有关，10%-20%的化脓性脑膜炎患儿是有后遗症的，会有听力的丧失、智力的倒退、反复的惊厥，语言能力的延迟、视力障碍、行为的异常。病毒性脑膜炎大多数在2-3周，患者可以完全恢复正常，病毒性脑膜炎不良预后与病变的严重程度，同病毒的种类是有关系的。患儿年龄小于两岁的婴幼儿病毒性脑膜炎预后相对比较差，病情重。全脑弥漫性的脑炎病情预后差，常遗留有智力运动发育障碍、心理行为的异常、视力或者听力的残疾。