先天性食管闭锁原因分别有：1.受到某种因素影响到空泡形成和融合，从而造成食道出现闭锁；2.食道和原始气管之间的隔膜发育不够完善导致食管出现了不正常的通道；3.与生理和孕期保健等因素有关。造成先天性食管闭锁的原因是有很多的，具体病因需要患儿到医院做食管造影、x线片等方面的检查来确认，病因确认后再进行治疗。