脚背腱鞘囊肿手术后，比以前还疼的情况，需要注意以下进行治疗：
第一、注意手术后的局部有没有红热、肿胀、渗血、渗液的情况，甚至有脓液的情况，有可能因为手术后发生感染，感染的情况局部有红热。如果有脓液，可能需要根据脓液的多少，进行对症治疗。如果比较轻可以碘伏消毒，定期换药，抗感染治疗。如果比较重，脓液比较多，可能需要切开引流。
第二、疼痛情况，如果没有感染，有可能是手术的刺激。这种情况需要进行镇痛治疗，用活血化瘀、非甾体类消炎镇痛药物，比如扶他林、西乐葆，以及弱阿片类曲马多等进行镇痛，还可以进行烤灯、红外线缓解疼痛。
如果腱鞘囊肿手术以后，已经度过了急性期，这时需要注意休息，避免活动过多，否则容易再次损伤，产生疼痛。