拉肚子时可以使用黄连素进行治疗，黄连素主要用于治疗肠道感染性疾病，尤其是对于大肠杆菌、痢疾杆菌有着强大的抑制作用，而不少人出现拉肚子是因为细菌感染引起的，因此在拉肚子的时候吃黄连素能够杀灭有害细菌，同时消除炎症，达到治愈拉肚子的目的。
但是拉肚子的原因是比较多的，除了与细菌感染有关之外，有一部分人是因为积食、消化不良、腹部受凉等原因，导致肠道产生应激反应而引起的腹泻，由于这些人没有细菌感染，所以使用黄连素没有治疗效果。在拉肚子之后最好是进行大便常规检查，对于有细菌感染的患者才能够选择黄连素治疗，而对于非感染性的腹泻，可以使用蒙脱石散、肠道益生菌等药物进行改善。