先天孤立肾的危害有：第一，肾功能容易受损。由于只有一个肾脏，新陈代谢的负荷就会偏大，如果患者不注意生活饮食或者生病后使用药物剂量不合理，都可能会引发肾功能受损。第二，有可能会导致男性宝宝患侧睾丸发育不良或者睾丸缺如，女性宝宝也会可能出现单侧卵巢和输卵管发育不良或者缺如。第三，有可能会引起生病后恢复缓慢。孤立肾患者生病之后很多对于肾脏有负担的药物都不能使用，或者需要减少药物剂量，相对来说对于疾病的治疗效果就会差一些。