先天性弓形虫感染的治疗方式主要为药物治疗。常见药物有螺旋霉素、乙胺嘧啶、磺胺嘧啶等，对于急性弓形虫感染的孕妇、已确诊或高度怀疑胎儿感染的孕妇、有症状的先天性弓形虫病婴儿，所采取的治疗用药不同。
1、急性弓形虫感染的孕妇：需应用螺旋霉素以减少宫内传播，螺旋霉素是大环内酯类抗生素，在胎盘中浓聚但不易穿过胎盘。
2、已确诊或高度怀疑胎儿感染的孕妇：则需要加用乙胺嘧啶、磺胺嘧啶和甲酰四氢叶酸，因为该方案较螺旋霉素单用，更能够有效杀灭胎盘和胎儿体内的弓形虫，从而减轻胎儿感染的严重程度。
3、有症状的先天性弓形虫病婴儿：应联用乙胺嘧啶、磺胺嘧啶和甲酰四氢叶酸治疗，有中枢神经受累的患儿可加用皮质激素。