卵巢畸胎瘤的手术是妇科中等大小的手术，卵巢畸胎瘤的手术主要包括两种，一种是卵巢囊肿剔除，另一种是单侧附件切除。一般来说选择卵巢囊肿剔除，尤其是年轻女性，要保留剩余卵巢组织，以利于生育。
对于年老女性、没有生育要求的女性，也可以行单侧附件切除，连同卵巢一起切除，这样可以减少术中剥离卵巢囊肿时破裂的风险，手术时间更短，而且不残留卵巢，也减少了今后复发的可能。
但是会降低生育能力，所以适用于没有生育要求的老年女性。