非淋球菌性尿道炎确诊以后，多采用广谱抗生素疗法，并且强调要连续不间断用药，规则定量彻底治疗，治疗后十到二十天复查均为阴性，并且临床症状消失才算治愈。本病治疗时间一般很长，现在推荐方案一是可以用多西环素口服，也可以用美满霉素，对于孕妇不宜用，可以用红霉素治疗。