门静脉血栓的治疗方法包括以下几方面：
第一、非手术治疗，主要以抗凝治疗为主要的治疗措施，对于急性的早期门静脉血栓，抗凝治疗是非常必要的，同时要给予全身的溶栓治疗，可以很好的开通门静脉部分血管，而且效果相对较良好；
第二、由于介入水平的不断提高，临床上现多采用介入下进行颈静脉肝内门腔静脉分流术，特别是采用了支架植入的方法，也就是所谓的TIPS手术，对于控制门静脉高压以及难治性腹水效果较理想，同时可以采用经皮门静脉置管溶栓术，手术效果也相对理想，但是容易有出血风险；
第三、门静脉血栓其分支也是肠系膜静脉，因此往往会导致肠管坏死，对于坏死的肠管，就要进行手术切除是唯一的治疗方法，术后给予抗凝预防血栓再次形成。