患有卵巢巧克力囊肿怀孕的几率具体不能确定，但是肯定会影响怀孕。因为囊肿长在女性的卵巢部位，会直接影响卵巢的排卵功能。如果巧克力囊肿的面积比较小，可能会怀孕。但是怀孕后囊肿在雌激素的影响下可能会越长越大，进而影响身体，影响胎儿。建议患有巧克力囊肿的患者，如果有生育的要求，应该积极地去治疗巧克力囊肿，然后再去备孕，最好不要在没有治好的情况下怀孕，以免危害身体健康，甚至失去怀孕能力。比较小的囊肿可以用药物治疗，比较大的可以进行腹腔镜下微创摘除术。