巧克力囊肿危害很大，如果要是双侧都巧克力囊肿，影响生育。这个病的特点就是痛经，并且呈逐渐加重趋势。虽然经过手术可以治疗，但是手术后以后还会复发，所以这个病是比较难治的疾病，还影响生育。所以，一旦有巧克力囊肿，一般是先手术治疗。手术治疗以后用药物防止再次复发。防止再次复发的药都是激素药，就是绝经疗法，不让她来月经，一般是这样治疗。危害就是患者每个月都会痛经，疼痛特别明显，很难忍受，再有就是影响生育。