巧克力囊肿是会影响怀孕的，主要是在怀孕的过程当中造成影响。由于巧克力囊肿属于子宫内膜异位症，在来月经的时候，会导致囊内积压增加，进而导致巧克力囊肿增加。这个时候会压迫输卵管，进而导致输卵管或者影响卵巢的排卵功能，最终导致排卵障碍。所以，有巧克力囊肿的女性怀孕一般都比较困难，或者怀孕的几率会降低。患有巧克力囊肿的患者，如果小于5cm，能怀孕的尽量怀孕，因为怀孕之后月经停止，巧克力囊肿可能会缩小。如果女性长期怀不上孕，需要采取手术，先切除巧克力囊肿以后，然后再考虑怀孕。