急性扁桃体炎反复发作或隐窝引流不畅，窝内细菌、病毒滋生感染而演变为慢性炎症。链球菌和葡萄球菌为本病的主要致病菌。也有观点认为慢性扁桃体炎与自身变态反应有关。关于诊断，患者有反复急性发作的病史为本病诊断的主要依据。扁桃体的大小并不表明其炎症程度，所以不能以此作为诊断依据。慢性扁桃体炎反复急性发作是切除扁桃体的适应征之一。