目前治疗强直性脊柱炎主要的药物仍然是非甾体抗炎药。炎性的下腰痛、外周关节炎、肌腱端炎均应该选用非甾体抗炎药，各种非甾体抗炎药均可能有效。使用时应注意个体化，每个患者对于同种类的非甾体抗炎药的反应性可能是不同的。初始剂量应该足量，使用4到7天以上方能决定该药是否有效。不应同时合并使用两种或两种以上的非甾体抗炎药，应随症状缓解，减少非甾体抗炎药的剂量，或更换作用时间长的缓释剂型。使用任何一种非甾体抗炎药，应注意可能的胃肠道和肝肾的不良反应。根据患者以往的用药情况和目前状况，选用最易耐受的非甾体抗炎药，并应定期监测可能的不良反应。糖皮质激素一般不主张口服或者是静脉全身使用，已经证实在强直性脊柱炎的长期治疗中，全身使用糖皮质激素毫无价值，且副作用大。另外是对于难治性的虹膜炎，可能需要全身使用糖皮质激素，眼前色素膜炎可以通过扩瞳，及以糖皮质激素点眼得到较好的控制。柳氮磺胺吡啶是治疗强直性脊柱炎首选的慢作用抗风湿药，是唯一被证实对于强直性脊柱炎有一定疗效的缓解病情药，主要是对患者的外周关节有效。如果是活动性的强直性脊柱炎患者，经过柳氮和非甾体抗炎药治疗无效时，可以采用甲氨蝶蛉或者是来氟米特，这两个药对于外周关节炎都有肯定的疗效。生物制剂是在过去几年中治疗强直性脊柱炎疗法上的一次飞跃，它能够迅速地控制关节滑膜的炎症，延缓软骨和骨的破坏，显著降低致残率，改善患者的生活质量，但是价格昂贵，国内的多数患者是难以长期承受治疗的费用，安全性的问题也为临床医师所关注。