脑囊虫病一部分患者可以治愈，一部分可能会留有一定的后遗症，可以出现癫痫发作，也可能会出现肢体感觉障碍，或者是运动功能障碍。该病的治疗主要包括脑囊虫治疗，临床上一般应用吡喹酮。同时要进行驱绦虫治疗，可以口服槟榔和南瓜子。治疗过程中可能会出现颅内压增高，严重时可能会引起脑疝，必要时降颅压治疗，常用的药物有甘露醇，甘油果糖和速尿。也可以用一些神经保护治疗的药物，常用的有奥拉西坦、吡拉西坦和胞二磷胆碱。