做脑核磁共振能够检查脑血管疾病、脱髓鞘疾病、脑肿瘤、颅脑先天发育畸形、颅脑外伤、各种原因所致的颅内感染，以及脑变性病等。
与头颅CT相比，头颅核磁共振能够提供多方位和多层面的解剖学信息。图像清晰度高，没有电离辐射，对人体无放射性损害，不出现颅骨的伪影，不需要造影剂就可以清楚显示冠状、矢状和横轴位。可以清晰观察到脑干及后颅窝病变的形态、位置、大小，及其与周围组织结构的关系，对于脑灰质与脑白质可以产生明显的对比度。但是，对于急性颅脑损伤、颅骨骨折和出血性疾病的急性期等，核磁共振的检查不如CT敏感。