治疗亚急性甲状腺炎比较好的方法，主要是对症治疗。如果患者有发烧或者颈痛等症状，可以给予解热镇痛的非甾体抗炎药，比如依托考昔或者是洛索洛芬钠这一类的药物。如果治疗效果不佳，必要时还可以应用糖皮质激素，进行对症的抗炎治疗。
针对患者心率快的情况，可以应用β受体阻滞剂，比如心得安，或倍他乐克、达韦、温绛平这一类的药物。在治疗过程中注意监测血沉和C反应蛋白，定期检测甲状腺功能，观察病情变化。