肛瘘手术后的康复时间主要根据症状的轻重程度决定，具体如下：
1、对于中等肛瘘，一般半个月左右就没有明显疼痛，不管是换药、排便，还是外用药物清洗创面，通常都感觉不到明显疼痛，此时基本上不影响正常生活。如果想要创面彻底的长好，常需要一个半月左右的时间。
2、若肛瘘症状比较轻，肛瘘是一种简单的肛瘘，愈合时间可能要短一些。
3、肛瘘比较复杂，可能切口比较多，康复时间有可能更加长一些。
肛瘘是一个通过手术才能够治愈的疾病，不通过手术通常很难治愈该疾病。如果进行输抗生素或者口服抗生素再加上外用药物的保守治疗，在一定程度上有可能会缓解肛瘘的症状，但通常不能根治该疾病。所以，如果有肛瘘，建议患者尽早进行手术治疗。