深度子宫内膜异位手术主要针对深度子宫内膜异位症，此时异位结节不仅侵入卵巢，侵入子宫周围韧带，并有可能使相应的肠管、输尿管都受到侵袭。
此时不仅仅是简单的去除子宫内膜异位病灶，由于此时病灶与周围的组织有剧烈粘连，为彻底清除病灶往往需要分离肠管，需要行相应的输尿管分离手术，肠管以及泌尿系损伤的可能性较大。
必要时为彻底清除异位结节、异位病灶，需要行相应的肠管切除并肠造瘘术，对于泌尿系也是同样的，为彻底清除病灶，往往需要协同泌尿科医师一同完成手术。