单心室分隔术的手术方式分为姑息性手术和根治术。姑息性手术的治疗原则是使肺血流量和肺内压力达到最好的状态，在选择手术方法时以建立和维持适当的解剖状态、血流动力学为目的。针对单心室畸形的相关术式主要包括体肺分流术，适用于肺动脉发育较差的患者；肺动脉环术，适用于肺血管即将发生病变或已经发生病变的患者；格林手术，适用于不适合进行Fontan手术的患者。根治术目前应用较广泛的是改良Fontan术，具有较好的早期及远期效果，是目前治疗单心室最佳的手术方式。心室分隔术曾经是单心室理想的治疗方法，但是其并发症高并且具有较高的死亡率，所以目前基本上已经被改良Fontan术所取代。