棉花籽的功效是可以温肾、补虚、止血。临床上可以通过棉花籽煮汤内服，或者做成丸、散剂，也可以煮水熏洗来治疗身体的相关疾病。特别是对于男性的性功能障碍，像男性的阳痿，还有早泄，可以很好的调治。
对于男性的睾丸出现了坠胀，效果也不错。对于脱肛，还有痔疮，都可以进行辅助治疗。棉花籽也可以对于女性的疾病进行治疗，像女性的崩漏、带下，这些都是其治疗范围。
棉花籽可以配合其他药物，治疗女性哺乳期间乳汁分泌过少，以及小儿尿床，这些可以进行治疗。最好在医生的指导下，合理的应用棉花籽来进行对症处置。