针对普通的肝内胆管结石手术，其风险相对是较小的。肝内胆管结石手术危险与否要取决于结石的大小、位置，是否引起了肝脏萎缩、肝内严重的感染以及患者的体质、术前检查的评估情况。
针对目前肝内胆管结石的手术相对安全度还是比较高的，因为技术已经发展到成熟的阶段，特别是有详细的术前评估，如果手术风险过大，一般手术医生并不会建议患者选取手术治疗，所以针对普通的肝内胆管结石手术，其风险相对是较小的。
但如果针对患者体质较差、心肺功能差，并且结石的数量多、肝硬化严重，长期的结石导致严重的胆汁性肝硬化，此时如果进行肝切除的治疗时，容易导致术后出现肝功能衰竭，甚至出现死亡的情况，也是需要注意的。