任何原因使得甲状腺激素的合成、分泌减少都会产生甲状腺功能减退症，常见的是原发性甲减，是指甲状腺合成、分泌甲状腺激素的水平下降而导致的甲减，多见于桥本氏甲状腺炎，此病的特点是淋巴细胞逐渐代替了甲状腺组织，使得甲状腺激素的合成、分泌减少。
核素（碘-131）治疗甲亢以后也可以发生甲减，甲状腺手术切除一部分甲状腺组织也容易发生甲减。甲状腺激素的使用应该是从小剂量开始，根据患者的心脏情况和有无并发症，逐渐加量至替代治疗剂量，一般是早晨空腹服药，到达替代治疗的剂量以后，也应该定期检查血的甲状腺激素水平和促甲状腺激素水平，及时调整用药。