膝关节囊肿当中最多、最具有代表性的是腘窝囊肿，以前是通过开放性的手术，在后方做大切口将囊肿切除。现在比较流行做微创手术，也就是在关节镜下进行腘窝囊肿切除手术。
通过在膝关节的前内与前外侧，建立两个小切口的通道，将关节镜从前外侧一直置入到后内侧间隙，然后在关节镜下将囊肿切除并进行内引流，大大减少手术的创伤，术后恢复也比较良好，而且不容易引起下肢深静脉血栓。比较小的腘窝囊肿，并不需要手术，只要保守治疗、热敷，避免过多的行走，避免劳累就可以。