舌咽神经痛，在病程中有可能自发缓解。如果发作的时候疼痛比较剧烈，可以用10%的可卡因，涂于患侧的口咽部，可以使疼痛暂时的缓解数小时。如果是口服药物治疗，可以使用治疗原发性三叉神经痛的药物，比如卡马西平、苯妥英钠、普瑞巴林、加巴喷丁等。如果内科治疗无效，可能需要手术治疗。手术的方法是，经颅内切断病侧舌咽神经及迷走神经的最近端的几根根丝。通过手术治疗可以终止疼痛的发作。同时，如果在手术当中发现有血管压迫舌咽神经，通过解除压迫也可以达到缓解或者终止舌咽神经疼痛的效果。