鬼臼毒素治疗尖锐湿疣的效果，与皮损大小、数量、位置有一定的关系。针对于皮损小、数量少的尖锐湿疣患者，应用鬼臼毒素的部分病人可以治愈，多数患者单纯用鬼臼毒素的治疗效果不佳，需要联合治疗。通常医生会根据皮损的大小、数量、位置、治疗花费、治疗副作用和患者治疗经历等因素，来制定个体化的治疗方案，采取综合防治等策略，以达到最满意的疗效。
通常药物治疗需要与物理治疗或者是手术治疗联合，常用物理疗法包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗、电凝治疗、电离子治疗和微波治疗等，这些物理治疗都是通过直接的破坏作用来清除皮损。当皮损只发生在小范围时，也可能不需要手术。如果尖锐湿疣分布广泛，药物及物理治疗无法去除皮损时，则可以选择手术切除。治疗的目的是尽早清除肉眼可见的疣体，改善可能有的症状，并减少复发，改善精神压力和美观需求。尖锐湿疣治疗后比较容易复发，复发常见于治疗后的3-6个月内。