窦性心律不齐有的是生理性，多见于儿童和青少年，这种窦性心律不齐无需特殊的处置，也无需用药。再有部分窦性心律不齐的患者伴有心动过缓，如果窦性心律不齐伴有明显显著的心动过缓时，而且还有自觉症状，如头晕，甚至出现晕厥等血流动力学不稳定的情况下。
可以应用阿托品治疗，再有较为严重的还可以应用心脏人工起搏器进行治疗。还有因与洋地黄类的药物有关而造成的窦性心律不齐，将洋地黄类的药物停用之后，这种情况会逐渐的消失。