肛瘘在临床上是一种让人非常苦恼的疾病，主要症状是在肛周有迁延不愈的脓肿，这个脓肿会自行出现。在破溃以后脓肿排干净、伤口愈合，但很快又出现复发，长此以往在局部形成了一个外口，这个外口会有较多的脓性分泌物、血性分泌物和黏液的分泌物，不断的排出刺激肛门周围皮肤，产生肛周的湿疹和瘙痒。
其实这种肛周脓肿常常是和直肠或肛管内相连接，这两个连接线称之为窦道，在直肠内可以摸到一个或较多的内口，这些内口只有经过彻底的切开，才能完整的治愈。对于肛瘘的治疗，一般都要将内口、外口和窦道，用丝线将其切断分离，让肉芽由内向外的生长，才能最终治愈肛瘘。