男性主要有淋菌性尿道炎，早期症状有尿频、尿急、尿痛，很快会出现尿道口红肿，有稀薄的粘液流出，24小时病情就会加重，分泌物变为黄色脓性且量增多，可有尿道刺激症状，有时会有腹股沟淋巴结炎，包皮过长的可以引起包皮炎、包皮龟头炎，甚至并发嵌顿性包茎。
后尿道炎受累的时候，以后可以会有终末血尿、血精，会阴部轻度坠胀等，夜间常常有阴茎疼痛性勃起，一般全身症状比较轻，少数会有发热、全身不适、食欲不振等症状，另外男性还可以得淋菌性肛门直肠炎，多见于男性同性恋者。
女性也可以由淋菌性宫颈炎的分泌物直接感染肛门所致，轻者会有肛门的轻度瘙痒、灼热感，排出的黏液和脓性分泌物等。重者会有里急后重的症状，可排出大量脓性和血性的分泌物。