淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎均是性传播疾病。其主要的区别是淋菌性尿道炎的致病菌是淋球菌，而非淋菌性尿道炎的致病菌是支原体、衣原体等。所以，两者之间的区别主要是致病菌不同。临床表现的不同，主要集中在尿道外口流的分泌物的性状和颜色。淋球菌的分泌物主要是黄白色脓样的分泌物，而非淋菌性尿道炎的分泌物，主要是白色较稀薄，均以晨起最为多见，两者可以通过分泌物的致病菌检查得以鉴别。主要的治疗方式都是应用抗生素，淋菌性尿道炎以头孢菌素类抗生素为主，非淋菌性尿道炎则是应用大环内酯类抗生素治疗为主。