试管婴儿总体是比较安全的技术，但仍然会有卵巢过度刺激综合征、多胎妊娠和取卵当中并发症的可能性。
试管婴儿经过30多年发展，已成为比较安全的治疗不孕症主要手段之一，总体比较安全，并发症比较少，但仍然会有一定并发症可能性，比如卵巢过度刺激综合征，就是由于体内多个卵泡发育所导致的一系列症状，可能会有胸水、腹水、静脉或动脉血栓、呼吸窘迫综合征可能性，严重者可能会危及生命。
多胎妊娠可能会有流产、早产、妊娠期高血压疾病、糖尿病、产后出血等并发症，取卵过程中可能会有出血、感染、膀胱等脏器损伤并发症可能性。因此，试管婴儿需要严格把握指征。