溃疡性结肠炎的并发症常见于以下几种：中毒性结肠扩张在急性活动期发生，发生率约2%，是由于炎症波及结肠肌层及肌间神经丛，以致肠壁张力低下，呈阶段性麻痹，肠内容物和气体大量聚集，从而引起急性肠扩张，肠壁变薄，病变多见于乙状结肠或横结肠。肠穿孔发生率约为1.8%左右，多在中毒性结肠扩张的基础上发生，引起弥漫性腹膜炎，出现膈下游离气体。大量出血是指出血量大而要输血的治疗者，发生率约为1%-4%。除因溃疡累及血管发生出血外，低凝血酶原血症亦是重要的原因。本病息肉的病发率为9.7%-39%，常称这种息肉为假性息肉，可分为黏膜下垂型、炎性息肉型、腺瘤样息肉型。息肉好发部位在直肠，也有人认为降结肠和乙状结肠最多，向上依次减少，其结局可随炎症的痊愈而消失。癌变发生率报道不一，也有研究认为比无结肠炎者高出多倍，多见于结肠炎病变累及全结肠，幼年起病和病史超过十年者。并发小肠炎的病变主要在回肠远端，表现为脐周或右下腹，水样便及脂肪便，使患者全身衰竭，进度加速，与自身免疫反应有关的并发症常见有关节炎、皮肤黏膜病变，眼部病变。