卵巢囊肿反复发作有两种情况，一个是生理性囊肿，另一个是病理性囊肿复发。作为生理性囊肿，往往与卵巢排卵后形成的黄体，或者是黄素化囊肿有关，属于生理性病变，可能每个月经周期都会存在，或者间隔几个月就出现一次，属于正常的身体反应，并非疾病状态。
而病理性卵巢囊肿进行剥除后复发，属于卵巢囊肿真正的反复发作，常见容易复发的卵巢囊肿，主要是子宫内膜异位症导致的巧克力囊肿。巧克力囊肿反复发作是一个顽疾，通常30%的女性都会在不同时间，出现不同程度的复发，主要取决于子宫内膜异位症自身的性质、患者个体差异，以及手术医生的技术。卵巢巧克力囊肿囊壁与卵巢组织分界不清，术中剥除不容易辨识清楚，容易残留，也是导致卵巢巧克力囊肿反复发作的最主要原因。因此，如果有此种囊肿，手术时医生需要尽可能把卵巢囊肿的囊壁完全剥除干净，尽量不要残留，从最大程度上控制卵巢囊肿的复发。