虽然颅咽管瘤是一种良性肿瘤，但是因为往往难以全部切除，所以经常会容易复发。颅咽管瘤大多数位于鞍区，而鞍区位于颅底。鞍区包括很多重要的神经结构，比如视神经、视交叉、大脑垂体。由于位置非常深，周围又有很多重要的神经结构，加上颅咽管瘤的瘤壁有很多严重的钙化、质地坚硬，所以手术中难以全部切除。一旦手术中残留，就必然会导致手术以后复发。复发以后还可以再次做手术切除，只要再次手术没有全部切除，就会一直反复复发，没有复发的次数限制。